Taki skład komitetu organizacyjnego znalazł swoje odzwierciedlenie w programie Kongresu Milenijnego, podczas którego oprócz wykładów plenarnych, poświęconych bilansowi tysiąca lat stosunków polsko-niemieckich we wszystkich dziedzinach życia społecznego i politycznego obu krajów, odbywały się obrady w ramach poszczególnych sekcji tematycznych. Problematyka wzajemnych wpływów i oddziaływań obu języków i kultur na przestrzeni wieków musiała zostać jednak uzupełniona zagadnieniami z dziedziny stosunków politycznych i gospodarczych, gdyż tylko w ten sposób można było nakreślić pełny obraz kontaktów bilateralnych. Dlatego do współpracy nad organizacją Kongresu zostali zaproszeni także historycy i znawcy współczesnej specyfiki stosunków polsko-niemieckich, a program został rozszerzony o kolejne dwie sekcje tematyczne: historię stosunków polsko-niemieckich oraz stosunki polityczne i gospodarcze po 1945 roku. Dzięki temu uczestnicy Kongresu Milenijnego mieli możliwość poznania i wnikliwej analizy całokształtu nad wyraz złożonych stosunków sąsiedzkich pomiędzy Polską a Niemcami w wymiarze historycznym – na przestrzeni tysiąca lat, w ich kształcie obecnym oraz w perspektywie ich przyszłego rozwoju.
Sesjom naukowym Kongresu Milenijnego towarzyszył bogaty program kulturalny. W ramach obchodów jubileuszowych w dniu 6 kwietnia odbył się w Warszawie, w sali koncertowej Akademii Muzycznej, uroczysty Koncert Polsko-Niemieckiego Milenium, zorganizowany dzięki pomocy ambasady Republiki Federalnej Niemiec. Goście Kongresu mieli również okazję obejrzenia spektaklu „Romeo i Julia” w wykonaniu dwóch zespołów teatralnych z Polski i Niemiec – przedstawienia, w którym w symboliczny sposób przedstawiony został konflikt polsko-niemiecki, porównany do sporu zwaśnionych rodów. Spektakl ten bardzo dobrze wpisywał się w charakter obrad Kongresu, którego zadaniem było nieunikanie tego, co raniło i dzieliło nasze obydwa narody, ale także poszukiwanie tego, co je w przeszłości łączyło i obecnie łączy.
Kongres Milenijny w Warszawie był przedsięwzięciem zakrojonym na bardzo szeroką skalę. Przygotowania trwały prawie dwa lata i wymagały poniesienia niemałych nakładów finansowych. W tym miejscu szczególne podziękowania powinniśmy ponownie skierować pod adresem naszych sponsorów, przede wszystkim Fundacji Współpracy Polsko-Niemieckiej, Komitetu Badań Naukowych, DAAD, Fundacji im. A.v. Humboldta, Fundacji Nauki Niemieckiej oraz Dyrekcji Zamku Królewskiego w Warszawie, które finansowo wspierały działalność Stowarzyszenia od początku jego istnienia i bez pomocy których zarówno poprzednie przedsięwzięcia, jak na przykład kongres germanistyczny w 1996 roku, jak również Kongres Milenijny nie mogłyby się odbyć. Tymczasem udział wzięło w nim ponad 360 uczestników z kilkunastu krajów, co w dziedzinach humanistycznych jest ewenementem na skalę europejską.
Wielki sukces Kongresu był wynikiem wysiłku i niestrudzonej aktywności członków komitetu organizacyjnego: jego przewodniczącego, prof. Franciszka Gruczy oraz: prof. Włodzimierza Borodzieja, prof. Tomasza Czarneckiego, prof. Erharda Cziomera, prof. Antoniego Dębskiego, dr. Sambora Gruczy, prof. Wolfganga Heinemanna, prof. Norberta Honszy, prof. Joanny Jabłkowskiej, prof. Marka Jaroszewskiego, prof. Władysława Kaniuki, prof. Lecha Kolago, prof. Gabrieli Koniuszaniec, prof. Tadeusza Namowicza, prof. Huberta Orłowskiego, prof. Waldemara Pfeiffera, prof. Zenona Weigta, dr. Janusza Węca, prof. Józefa Wiktorowicza, prof. Elżbiety Zawadzkiej oraz dr Magdaleny Olpińskiej – sekretarza komitetu organizacyjnego Kongresu. A trzeba tutaj podkreślić, iż działania związane z tym wydarzeniem nie zakończyły się w momencie pożegnania referentów i uczestników. Jeszcze blisko rok trwały bowiem prace całego zespołu ludzi, którym kierowała dr Silvia Bonacchi, nad wydaniem tomu materiałów Kongresu Milenijnego, który ukazał się pod tytułem „Tausend Jahre polnisch-deutsche Beziehungen. Sprache – Literatur – Kultur – Politik” w roku 2001. Tom nie przypadkowo liczący około 1000 stron – przez co dodatkowo nabiera symbolicznego znaczenia: tysiąc stron na tysiąclecie stosunków polsko-niemieckich – zawiera niemal wszystkie referaty wygłoszone zarówno podczas obrad plenarnych, jak również w poszczególnych sekcjach tematycznych, a ponadto zapis dyskusji panelowych toczonych podczas Kongresu, teksty przemówień powitalnych patronów honorowych – Prezydentów obu krajów i przedstawicieli Komitetu Honorowego oraz deklarację końcową przyjętą w ostatnim dniu obrad przez wszystkich obecnych na Kongresie uczestników.
Przeprowadzenie tak wielkiego przedsięwzięcia, jakim było zorganizowanie Kongresu Milenijnego w roku 2000, wymagało zmobilizowania ogromnej energii wielu spośród członków Stowarzyszenia Germanistów Polskich. Myliłby się jednak każdy, kto sądziłby, że wysiłek ten wyczerpał nasz potencjał organizacyjny i zaspokoił aspiracje naukowo-badawcze. Wręcz przeciwnie, niespotykane zainteresowanie działalnością Stowarzyszenia środowisk nie tylko akademickich sprawiło, iż postanowiliśmy nie tylko nie „spocząć na laurach”, ale zintensyfikować nasze działania na forum publicznym. Podobnie jak w roku 1996 po zakończeniu kongresu poświęconego językowi niemieckiemu i germanistyce w Europie środkowej, tak i w roku 2000 liczba członków naszego Stowarzyszenia bardzo się zwiększyła, a właściwie niemal się podwoiła, a tradycyjne coroczne Zgromadzenia Ogólne przekształciły się w regularnie organizowane konferencje naukowe, które spotykają się z niezmiennym zainteresowaniem ze strony nie tylko pracowników naukowych, ale także władz oświatowych i partnerów zagranicznych.